睡蓮的根部形狀主要呈現為類似馬鈴薯的塊莖狀。這種塊莖是他們儲存養分的地方，以便在生長季節供應植物所需的能量。根系一般呈深棕色或黑色，質地較硬。塊莖上會有很多眼（芽），每個眼都可以長出新的葉子和花朵。

盡管被稱為"根"，但實際上這些塊莖更像是水生植物的莖，因為它們不僅提供結構支持，還貯存了養分并運輸水分和營養物質。